Es war wohl kein Zufall, als Johannes Maria Wimmer im Kindesalter von 6 Jahren nichtsahnend bei einer Führung am Salzburger Glockenspiel die "richtigen Töne" zu "Stille Nacht" bereits im Ohr hatte, bevor diese erklungen sind – auf diese Weise wurde bei ihm das absolute Gehör festgestellt, und eine hohe musikalische Begabung erkannt.
So erhielt er bereits mit sechs Jahren ein Stipendium vom Lions Club Salzburg für Klavierunterricht, mit sieben Jahren begann sein musikalischer Werdegang an der Universität Mozarteum Salzburg, zunächst mit Klavier. Es folgte ein Gesangsstudium bei Gudrun Volkert, ein Liedstudium bei Hartmut Höll, und ein Opernstudium welches er mit Auszeichnung beendete. Studienbegleitend besuchte er ergänzend Meisterkurse bei Sherill Milnes, Brigitte Fassbaender und Gianni Raimondi. Für seine Interpretation des Bartolo in Le nozze di Figaro wurde er mit dem Hanna Ludwig Preis geehrt.
Sein Debut auf der Opernbühne feierte er in Catania (Sizilien) am Teatro Massimo Bellini. Nach Engagements u. a. in Erl, Hannover und München war er von 2008 bis 2011 Ensemblemitglied am Nationaltheater Mannheim, mit dem er bis heute verbunden bin, und wo er als Masetto, Frank, Titurel, Doolittle, Bailly oder Graf Horn das Publikum begeistern durfte. Seit der Spielzeit 2012/13 ist er festes Ensemblemitglied am Tiroler Landestheater, wo er zahlreiche Partien wie den Baron Ochs auf Lerchenau, Rocco in Fidelio, Wassermann in Rusalka, Crespel in Les Contes d'Hoffmann, den Agent der Geheimpolizei in Gian Carlo Menottis Konsul, Lothario in Mignon, Fiesco in Simone Boccanegra, Leporello und Commendatore in Don Giovanni lebendig interpretiert hat. Auch als Mustafà, in der Titelpartie des Sweeney Todd, als Angelotti, als Sarastro, Don Alfonso, Pimen in Boris Godunov, als König Treff in der Liebe zu den drei Orangen, als Colline in La Bohème, und als Bartolo in Le nozze di Figaro war der Bassist zu erleben. Zuletzt triumphierte er in der Titelpartie in Verdis Falstaff, und darauf sogleich als Baron Ochs auf Lerchenau im Rosenkavalier.
Seine stilsichere Vielseitigkeit, und die hohe Gabe musikalisch, als auch inhaltlich dramaturgisch eine Rolle zu einer Persönlichkeit zu verknüpfen, zu verinnerlichen und ihm eigen zu machen, zählen neben einer angenehm strömenden Bassstimme zu seinen Stärken als Sängerdarsteller. Gastspiele führten ihn u. a. ans Staatstheater Mainz, Staatstheater Saarbrücken, Staatstheater Darmstadt, Theater Ulm, Theater Hagen, Nationaltheater Mannheim, Theater Heidelberg, Landestheater Linz, sowie an die Volksoper Wien.
Neben der Oper sind Lied und Oratorium ebenfalls wesentliche Säulen seines künstlerischen Wirkens. Zahlreiche Konzerte führten ihn durch ganz Europa, unter anderem nach Lissabon, Aquileia und Padova, Krakau, Mannheim, zu der Schubertiade Feistritz, nach Filzmoos (mit den Wiener Sängerknaben) und in seine Heimatstadt Salzburg, wo er als ständiger Solist im Salzburger Dom einige Liveübertragungen im ORF, als auch Messen zur Eröffnung der Salzburger Festspiele gestaltet hat. In Erinnerung bleibt der 2022 aufgeführte, tief bewegende Liederabend Auf und davon im Haus der Musik Innsbruck, gewidmet den vertriebenen österreichischen, jüdischen Komponisten.
2017/18 war er Dozent an seiner Alma Mater Mozarteum, und unterrichtete in Innsbruck Gesang. 2021 wurde er mit der Rolle des Sparafucile für den Österreichischen Musiktheaterpreis nominiert.